Het toilet in een vliegtuig werkt heel anders dan een gewoon toilet. Elke toiletpot heeft twee ventielen. Een waterklep en de spoelklep. De waterklep levert water uit de drinkwatertank voor het doorspoelen van het toiletafval en de spoelklep voert het afval af. Wanneer de spoelknop in het toilet wordt ingedrukt, opent de spoelbesturingseenheid zowel de water- als de spoelklep, waardoor het water uit de toiletpot in een afvaltank kan spoelen.

Op grondniveau wordt de spoeldruk geleverd door een vacuümgenerator. Deze generator wordt elektrisch aangedreven en is via een leiding aangesloten op de afvaltank. Telkens wanneer de spoelknop wordt ingedrukt, komt de vacuümgenerator online, waardoor er een vacuüm in de afvaltank ontstaat, waardoor de afvalinhoud van de toiletten in de tank kan vallen. In de lucht en boven een bepaalde hoogte is het drukverschil tussen de cabine en de atmosfeer voldoende om het afval uit de toiletpot in de afvaltank te trekken. De vacuümgenerator is dus niet meer nodig.

In sommige oudere en kleinere vliegtuigen is het toilet van het recirculatietype. Bij dit type toiletsysteem is geen afvaltank aanwezig. In plaats daarvan wordt een opslagtank met een spoeloplossing gebruikt. Deze spoelvloeistof bevat desinfectiemiddelen die het water een blauwe kleur geven. In de opslagtank bevindt zich een pomp en een filter. De service van een recirculatietoilet is vergelijkbaar met een vacuümtoilet. Het enige verschil is dat als de opslagtank eenmaal is geleegd, deze moet worden bijgevuld of opnieuw moet worden gevuld met nieuwe spoelvloeistof, aangezien deze vloeistof nodig is voor de spoeltaak.

Soms kunnen dit soort toiletten lekken. Dit gebeurt voornamelijk als gevolg van onjuist toiletonderhoud of defecten aan onderdelen. Tijdens de vlucht kan al het afvalwater van het toiletsysteem bevriezen, wat een lijn van bevroren spoelvloeistof op de romp van het vliegtuig kan achterlaten. De bevroren oplossing kan zelfs van het vliegtuig vallen. Alsof het toilet wordt onderhouden met blauw desinfectiemiddel, kan het gevormde ijs blauw zijn. Dit wordt ook wel blauw ijs genoemd.